Allerede på 1000-tallet var stedet å regne som by, da kalt Vágar, som var den aller første byen i Nord-Norge. Dette var naturligvis med opphav i lofotfisket. Stedet var i store deler av middelalderen handelssentret i Hålogaland.
Etter at Vågar mistet sin betydelige rolle, i nasjonal betydning, som kjøpstad utviklet likevel stedet seg videre som fiskevær, og da etterhvert under benevnelsen Storvågan.
Størst i Lofoten på 1800-tallet
På 1800-tallet er Storvågan det største fiskeværet i hele Lofoten. Det var 110 rorbuer på stedet, og det var ikke uvanlig at cirka 1200 fiskere rodde lofotfisket herifra - noen ganger flere.
Nedturen
På tampen av 1800-tallet kom den store nedturen. Storvågans betydning som sentrum og fiskevær var blitt ytterligere redusert - fordi fartøyene, som med årene hadde blitt større, seilte forbi - i mangel av kai i Storvågan.
Det var kort og godt for langgrunt til å utvikle ei moderne havn på stedet; til å henge med i utviklinga.
Væreiergården
Den prektige væreiergården i Storvågan tjente aller først som lensmannsbolig.
Etter å ha vært i eie til flere væreiere, havner gården på tvangsauksjon i 1901, etter at den siste væreieren gikk konkurs.
Gården blir i 1909 overtatt av kommunen, som bruker den til gamlehjem.
I 1976 tar det nyetablerte Lofotmuseet eiendommen i bruk.
Kabelvåg
Mens Storvågan taper sin posisjon, vokser Kabelvåg frem som det nye senteret i området, og til et av de største fiskeværene i Lofoten.